Une entreprise qui vend des marchandises et les expédie dans un autre pays européen réalise une livraison intracommunautaire de biens exemptée de la TVA dans le pays de départ du transport dès lors qu’elle est en possession tous les documents justifiant la réalité du transport, ce qui comprend entre autres : les contrats, les bons de commande, les factures et les documents de paiement. Lorsque la vente a lieu sous l'incoterm EX Works ou encore départ usine et que c'est le client qui s'occupe du transport, il y a lieu de faire attention car l'exonération de TVA devient à risque.

Les règles suivantes doivent ainsi être respectées dans la situation où le transport est organisé non pas par le vendeur mais par le client lui-même ou par un transporteur agissant pour le compte de ce dernier.

Lorsque le transport est effectué pour le compte de l'acheteur, les documents commerciaux usuels, complétés par un double des documents commerciaux usuels émanant du transporteur, dont dispose l'acheteur (par exemple, une copie d'un C.M.R. et de la facture du transporteur) peuvent permettre au fournisseur d'établir la preuve du transport ou de l'expédition des biens.

De plus, une commande écrite (e-mail, télex, bon de commande, etc.) émanant de l'acheteur, dans laquelle il stipule expressément que les biens sont destinés à être transportés vers un autre État membre peut utilement compléter ces éléments de preuve.

Lorsque le transport est effectué par l'acheteur avec ses propres moyens, les éléments de preuve énoncés ci-dessus doivent également permettre, dans ce cas, d'établir l'existence d'un transport.

L'absence d'intervention d'un transporteur réduit toutefois les possibilités d'établir l'existence de ce transport. C'est la raison pour laquelle par exemple en Belgique l'article 4 de l'arrêté royal n° 52 a prévu comme élément de preuve supplémentaire un document de destination qui comprend entre autres les coordonnées du vendeur et de l'acheteur, la description des biens, la date d'émission et le numéro de la facture, le lieu d'arrivée des biens et la date de réception des biens. Ce document de destination peut également être utilisé lorsque le transport est effectué pour le compte de l'acheteur.

La réglementation TVA a instauré depuis le 1^er janvier 2020 une présomption, sauf preuve contraire par l'administration, que les biens ont été expédiés ou transportés à partir d'un pays européen vers un autre, lorsque le fournisseur est en possession de ces documents de preuve. Cette présomption n'est toutefois pas applicable lorsque le fournisseur savait ou devait savoir que les biens n'ont pas été expédiés ou transportés dans un autre État membre.

Dans un premier temps, c'est l'acheteur qui dispose de la plupart de ces éléments de preuve. Il appartient par conséquent à l'assujetti fournisseur de s'assurer que son client va lui faire parvenir les preuves nécessaires. Si aucun délai n'est précisément défini par la loi, il faut en tout cas qu'en cas de contrôle de l'administration fiscale, le fournisseur soit en possession de tous ces éléments de preuve.

Lorsque le contrôle est effectué peu après la livraison et qu'il n'est pas encore en possession de ces éléments, l'assujetti doit être en mesure de démontrer qu'il a effectué toutes les démarches nécessaires auprès de son acheteur et qu'il sera à même de fournir ces preuves dans un futur proche.

À défaut, en l'absence de documents de preuve, le fournisseur n'a pas rempli les obligations qui lui incombaient pour démontrer que les conditions d'application de l'exemption (transport des biens vers un autre État membre) étaient réunies et l'administration sera amenée à lui réclamer la TVA sur l'opération.